人類が最期は樹になる進化を遂げた、遠くない未来。樹になることができない孤児の「ミカ」は、村人から孤立した生活を送り、たったひとりの"家族"もミカを置いて、間もなく樹になろうとしていた。 そんなミカの託児を請け負った僧侶の「甲丸《きのえまる》」との出会いによって、ミカと地球の運命は大きく動くことに…。